En général pour du responsive, on définit des points de rupture plutôt, parce que ça se rapproche plus du principe des tailles d'écrans des terminaux.
Tu ne vas pas afficher de la même manière un menu et le contenu principal sur un écran 26" ou sur un téléphone 4" ; on est plus du tout dans un redimensionnement parfaitement proportionnel, sinon l'un des deux écrans est complètement inutilisable. Du coup, tu vois souvent, sur les mobiles, que le menu disparaît pour se compresser, et tout ce qui peut prendre de la place sur le contenu est placé en bas, sous ledit contenu, plutôt qu'à côté (par exemple) sur les versions desktop.
Ça, c'est avec les points de rupture qu'on y arrive : on définit, avec les media queries, qu'à partir de telle ou telle taille (en général les tailles repères des terminaux les plus répandus), le layout ne se redimensionne plus, mais _change_.
Du coup avoir des tailles en % c'est utile, mais à petites doses et en s'assurant d'encadrer le tout par des min- et max-width. La majorité du travail doit se faire sur l'agencement en lui même passés ces breakpoints, pas en le redimensionnant à l'extrême.
Pour les hauteurs en %, c'est encore plus rare parce que c'est pas vraiment intuitif dans des interfaces d'abord calculées horizontalement, mais à moins que tu ais un site qui doit spécialement tenir sur une seule vue, il est en général plus sage de laisser la hauteur s'étendre d'elle-même.