C'est simple, PHP c'est un peu tu fais comme tu veux tant que ça marche ( après c'est comme tous les langages ) , tu respectes certaines règles dans un souci d'organisation et de modularité.
La POO si tu en as jamais fais commence pas par ça.
Si tu fais un site vitrine pas trop compliqué tu peux faire un dossier "admin" un autre "user" ou tu mets les pages genre espace membre un autre "view" ou tu mets tes pages genre presentation / accueil / contact
Au niveau des changements pages, t'es sensé connaître les pages de ton site donc un simple lien en html suffira
pour les images, tu fais un dossier et tu stockes les noms dans une ddb, il y'a d'ailleurs pas mal de tutoriels sur le net pour ça