Le PHP et le javascript ne font pas du tout le même boulot.
Chaque langage a son propre job si tu veux.
Mais pour commencer il faudra obligatoirement, même si ce n'est pas de la programmation, passer par HTML/CSS car ton navigateur ne comprend QUE CA et n'affichera QUE ÇA (donc ça serait comme vouloir faire une maison, mais sans briques, sans murs, sans toit).
Javasciprt sera lu et géré par ton NAVIGATEUR, PHP sera intepreté par le SERVEUR (et non ton navigateur, PHP il ne sait absolument pas ce que c'est).
En bref:
HTML: pose la structure de ton site
CSS: modifie l'apparence de cette structure
Javascript: permet d'interagir avec le navigateur à certains actions (si tu cliques là fait apparaître ça, si tu cliques là change la couleur de ça en ça, si tu cliques là cache tel bloc, fait défiler tel truc etc etc)
PHP: langage permettant de "dynamiser" le site, sur base de fonctions (simple exemple: Si tu veux afficher l'heure actuelle, en HTML pour gérer tout les cas il te faudrait 86400 pages (24*60*60), avec PHP tu as besoin d'une page faisant appel à la fonction date()), ça se résume donc a une ligne de code en PHP dans un seul fichier).
Dans tout les cas les premiers à apprendre et surtout à maîtriser, c'est HTML et CSS.