Voilà c'est ça. Le problème vient du fait que sur Windows, avec des outils comme Notepad, un saut de ligne se code "\r\n" alors que sur Linux, seul le line feed est utilisé : "\n".
Tu as plusieurs solutions, soit tu transfères ton fichier en ASCII et non en binaire par le biais de ton FTP.
Ou bien alors, et ça devrait fonctionner, tu mets directement le code ASCII qui va bien, ça devrait résoudre ton problème. Il y a une fonction php pour ça : chr(int ASCII = 10 pour un LF)
http://www.asciitable.com/
http://php.net/manual/fr/function.chr.php