Tu as peut être du mal à comprendre le concept, et je trouve ça plutôt normal, ce fut le cas de pas mal dans la formation que j'ai faite (formation basique mais qui m'a permis d'un peu mieux m'organiser xP) quand on a commencé à voir ce langage (tout comme le XML auquel on peut créer sa propre structure, au début on a du mal à comprendre l'interet réel de la chose).
Pour te donner un nouvel exemple, tu peux très bien taper un texte sans PHP, mais à faudra que tu édites toi même le code. Par contre quand tu postes un message sur jeuxvideo.com, est ce que tu va dans leurs fichiers éditer le code ? Bah non tu as un formulaire en HTML, et tu as tout le script PHP derrière qui va récupérer les messages et faire en sorte de les afficher, y compris celui que tu viens de poster (tu verras aussi à ce moment là qu'on a besoin de ce qu'on appelle une base de données pour ce genre de choses, mais bon je veux pas t'embrouiller avec ça pour le moment).
On prend bien souvent le site du zéro comme référence pour apprendre ce genre de chose, et perso je ne le trouve pas forcément mauvais (disons qu'il a une approche plus pédagogique je dirais, c'est pas donné à tout le monde de savoir "accroché" les gens). Pour le début je trouve ça pas plus mal, ça permet de comprendre un peu le principe et les bases, par la suite si je dois me documenter sur une fonction PHP j'irais plutôt là bas:
http://www.php.net/
(Faites gaffe tout de même aux exemples, ça arrive assez bien que les premiers exemples se révèlent assez foireux et soit corrigé quelques commentaires plus bas xP).
Donc voilà, l'ordre des choses c'est avant tout HTML/CSS sans ça pas de site web, puis si tu veux aller plus loin PHP/SQL (ou autre, y a pas que PHP mais c'est un des plus répandus).