À mon avis, ce n'est pas la question la plus pertinente. Dans ton cas, ce qui compte vraiment, ce n'est pas le système d'exploitation mais les applications (serveur web, version de PHP, type de SQL, etc.)
Si tu as la même série d'applications d'un coté sous Linux, et de l'autre sous Windows, tu ne veras pratiquement pas de différences, et tes clients n'en verront aucune.