bon, et apres 10 minutes de google pour fouiller la doc de mysql.
Tu veux probablement stocker ta donnee binaire dans un tinyblob ( http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/string-type-overview.html ). et faire la conversion en sql et pas en php grace aux fonctions sur les representation hexadecimal ( http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/hexadecimal-values.html ).
Je ne sais pas exactement comment les blobs sont implementes chez mysql, mais en general c'est assez gourmand en ressource a acceder, donc je ne suis pas sur que tu vas gagner grand chose. De plus, si les perfs de ton SGBD sont si critique que ca, il peut devenir pertinent de changer d'outil et de le configurer finement.