J´utilises, moi aussi les includes, ce que je veux dire, c´est qu´il faut les utiliser à bon escient et pas n´importe comment quand l´envie te prends.
Si ton code est bien structuré, ça ne pose pas de problème.
Les templates sont surement très partiques, mais moi j´ai du mal.
Je préfère encore le mélange xhtml/php.