J'ai parcourut le site d'Aptana, en particulier leur doc et j'ai trouvé un truc :
http://www.aptana.com/docs/index.php/Documenting_your_code_using_ScriptDoc
Mais bon, si je dois me taper tous les commentaires à la main, même si c'est des c/c, voilà quoi...
Bon, je crois que je vais faire mes dev sur Aptana et ajouter les commentaires sur PHP Designer, qui est pratique pour ça ^^