Non, justement, tu ne sais pas utiliser les include, tu l´utilise mal !
Toi tu fais :
fichier html 
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title></title>
</head>
<body>
<?php include(´include.php´);
</body>
</html>
include.php 
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title></title>
</head>
<body>
coucou, ceci est mon fichier include.php
</body>
</html>
Ce qui équivaut à la page html suivante :
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title></title>
</head>
<body>
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title></title>
</head>
<body>
coucou, ceci est mon fichier include.php
</body>
</html>
</body>
</html>
Or dans ton fichier include.php tu ne devrais avoir que :
coucou, ceci est mon fichier include.php
Ce qui aura le même résultat que la page html suivante :
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title></title>
</head>
<body>
coucou, ceci est mon fichier include.php </body>
</html>
Tu saisis la nuance ?
Dans la page qui résulte de ton code, il y´a 2 fois les entêtes, les balises <html>, <head>, <body>, ..., etc, ...
Or ça, IE l´interprête très mal !