je ferais au plus simple pour moi
index => site 1 / Site 2
je mettrais les "2 sites" a la meme place sur le ftp
vu que tu veux que ça utilise le meme design autant ne pas copier 2 fois les memes images
index => pour la selection du theme
indexsite1 => theme 1
indexsite2 => theme 2
un dossier images, pour que les 2 page aille chercher leur images
et ensuite 2 répertoire pour les différents scripts (si tu le fait en php)
"scriptsite1"
"scriptsite2"
avec des includes ça devrais parraitre transparant a l´utilisateur
je sais pas si c´est vraiment claire mais bon ^^
(PS: c´est qu´une idée rapide, c´est pas forcement exempt de défaut)