Les deux couplés ensembles, ça te permet de protéger un répertoire par login/mdp. En fait le fichier . htaccess contient quelque chose qui va dire à apache qu´il doit restreindre l´accès au dossier, et contient aussi un lien vers le fichier . htpasswd qui lui contient les couples logins:mdp_cryptés.
Bien sur, les fichiers htaccess ne servent pas qu´à ça 
Tu peux par exemple faire une page d´erreur 404 personnalisée, ne pas afficher une liste des fichiers s´il n´y a pas de fichier index dans le dossier etc...
http://httpd.apache.org/docs/howto/htaccess.html
http://wsabstract.com/howto/htaccess.shtml