À tout les coups du as mis des urls relatives dont la " relativité" a changé, où tu as mis des liens vers ton disque dur...
Ou encore, tu as peut être en local un lien href="index.html" qui mène à la page INDEX.html, mais comme ton FTP respecte la casse, il ne trouve pas...
Ce qui est sûr c´est que ça ne vient pas de Fileilla, je l´utilise depuis longtemps sans problème.