De ce que j'en ai compris:
Pour capturer une base il faut tuer le capitaine de base, tous les enemis ayant un nom dedans (capitaine d'unité mobile, officiers, etc...) et qu'il y ait moins d'un certain nombre d'enemis dedans. En gros, quand les portes s'ouvrent ou que ton perso dit qu'il a capturé la base, c'est bon.
Si une base n'est pas capturé, des groupes d'enemis dirigés par un capitaine d'unité mobile (Mobile Unit Captain en anglais, probablement ton capitaine de déplacement) peuvent continuer de sortir par la porte liée à cette base. Si la base n'est pas capturée (parce qu'il reste un officier dedans par exemple) et que le capitaine de base a été tué, le prochain groupe à sortir de la porte liée à cette base sera un nouveau capitaine de base qui ira remplacer celui mort.
Ce qui peut être assez déroutant, c'est que la porte liée à une base n'est pas toujours dans la base elle-même, mais en général elle est proche. Du coup, on peut voir des enemis sortir à l'infini d'une porte sans savoir quelle base est l'origine de ces sorties d'enemis.
Une fois la base capturée, deux possibilités, soit un capitaine de base allié sortira d'une de tes portes et ira protéger cette base, soit cette base sera laissée vide.
Tant que ton capitaine de base allié n'est pas arrivé dans la base, si toi (et tes alliés) sortent de la base (que la base est laissée vide), n'importe quel enemi "gradé" qui entrera dans cette base la recapturera automatiquement.
En gros c'est ce que j'en ai compris.
Aussi il y a des endroits scriptés où des enemis peuvent respawn à l'infini (sans sortir d'une porte). Ca c'est plus dérangeant par contre.
Et pour les capitaines de déplacement (Mobile Unit Captain), c'est une sorte de grade. En gros, du plus fort au plus faible, tu as le commandant ennemi, puis les officiers historiques avec un vrai nom, puis les Unit Commander, puis les Mobile Unit Captain.