Tout dépend du sens que l'on donne au mot secte. D'un point de vue étymologique, le terme secte vient du latin "secta". Il s'agit tout simplement "d'une doctrine que l'on suit". Une secte n'est pas nécessairement à caractère religieux d’ailleurs. On lui prête un sens très péjoratif aujourd'hui, mais d'un point de vue purement étymologique cette étiquette négative n'a pas lieu d'être.
Le christianisme par exemple est à l'origine une véritable secte. Difficile de le nier. On peut donner raison à Excelcisbeo sur ce point. Il s'agissait initialement d'une doctrine qui existait au sein du judaïsme avant de se différencier du Judaïsme et d'exister comme religion à part entière.
Pour le reste, il est vrai que beaucoup d'anti-théistes peuvent paraître arrogants. Cela s’explique simplement parce qu'ils ont la raison avec eux. Forcément ça aide. Il est difficile de défendre des thèses théistes face à un anti-théiste rationnel.
En outre, chacun devrait être libre de son rapport avec Dieu sans avoir besoin d'intermédiaire (texte sacrée, prophète, etc...) qui sont toujours de nature dogmatique. Les notions de divins et de sacré sont assez exaspérant pour quelqu'un qui ne croient qu'en la raison. Il ne s'agit pas de renier les notion de spiritualité ou l'existence du mystique mais bien de combattre toutes les fabrications humaines à ce sujet.
Ceci étant dit, je peux parfaitement comprendre qu'une personne qui vit pleinement sa religion peut se sentir blessée par de tels propos. Mais estimer que les religions sont dogmatiques et qu'elles véhiculent des idées d'un autre âge, ce n'est pas forcément un manque de respect.