Salut
c'est normal au début.
Pour débloquer le vaisseau Zoltan il faut faire une quête qui a lieu dans les Zoltan Homeworlds (c'est un secteur "vert" sur la carte des secteurs)... je ne vais pas te spoiler la quête mais si tu trouves les Zoltan Homeworlds tu as quelques chances de tomber sur cette quête
Sinon, il y a plusieurs façons de survivre au flagship.
Côté défense:
- Une bonne esquive ne mange pas de pain. Le flagship va t'envoyer des missiles et lasers par lots de 3, si tu peux en éviter 40% à 50% ça ne sera pas de trop. Pour ça pas de secret: améliorer le moteur, et avoir un bon pilote + un bon mécanicien au moteur.
- Pourquoi pas un module de cloaking? ça coûte une blinde et ça prend 3 d'énergie pour durer 15 secondes, mais si t'as le bon timing tu évites à coup sûr les missiles et autres joyeusetés. Personnellement, je l'achète assez souvent sur les vaisseaux classiques, et j'aime beaucoup jouer le Stealth Cruiser, qui commence avec dans ses layout A et B.
- 3 ou 4 boucliers... Contre le flagship les boucliers ne "servent" qu'en phase 1 je pense (vu qu'en phase 2 il envoie 4 milliards de drones, et qu'en phase 3 il a son laser de malade) mais c'est pas de trop non-plus. Disons que ça évite des dégâts bêtes.
Côté attaque:
- Il te faudrait un moyen de péter son lance-missiles, son "master-rayon" et pourquoi pas le triple-laser. Pour le triple ion... bof. A toi de voir. Une technique infaillible: le téléport. Tu envoies deux membres d'équipage pas trop branques dans la salle du lance-missiles et tu admires le travail, puis tu répètes avec les deux autres armes "dangereuses". Sinon, les bombes téléportées ou les missiles devraient fonctionner aussi mais je suis moins fan. Et le Chain Vulcan, ce laser OP qui tire toutes les secondes une fois "bien lancé", donc passe facilement 4 boucliers. 
- Un truc qui fasse des dégâts rapidement. Le breach-missile est bien dans le genre (4 dégâts, rien que ça), sinon, un glaive beam, etc.
- Pour désactiver les boucliers, ya des trucs sympas comme le hacking level 3 aussi. J'aime bien ça pour la phase 1. Par contre en phase 2 il a un drone de défense, donc faudra envoyer un missile en même temps que le hacking pour avoir une chance de surcharger le drone et d'atteindre les boucliers avec le hacking.
N'oublie pas de bien gérer tes troupes, aussi. Si tu n'as pas de clone-bay, n'hésite pas à mettre souvent sur pause pour éviter de perdre bêtement un Zoltan etc...