Je pense que le mieux est de désinstaller totalement le jeu (juste récupérer la sauvegarde) et de le réinstaller, car hélas l'option "Vérifier l'intégralité du cache du jeu" n'est pas fiable à 100% en cas de fichier réellement manquant.
Ensuite même si ce n'est pas le sujet, je ne peux pas m'empêcher de dire que c'est dommage de rester menotté à Steam concernant des jeux qui ne sont pas obligatoirement liés à Steam.
Les développeurs de FTL ont aussi fait le choix de mettre à disposition le jeu sur GOG.com, site qui n'impose aucune contrainte, jeux sans DRM (donc jeux nous appartenant vraiment, et non sous forme de location à durée indéterminée), aucune obligation à un moment ou à un autre d'avoir internet une fois le jeu téléchargé (téléchargeable à volonté), car le jeu peut être transféré et utilisé comme un simple film d'un PC à un autre.