Les deux versions seront différentes ça a été annoncé de mémoire.
A partir de là, on peut imaginer qu'aucune des deux versions ne sera bridée vu qu'elles seront indépendantes... Pas comme l'exemple de The Legend of Zelda: Twilight Princess par exemple.
Mais vu qu'on pourra très certainement lier les deux versions ensemble (via la connection WiiU / 3DS, qui est très certainement possible, même si personne n'en a encore parler je crois), les versions seront quand même proches sur le contenu... Un peu comme les versions Pokémon GBA & GameCube, ou DS & Wii, tu vois? 