d'après le forum anglais d'ubi, un mec aurait trouvé la solution
http://forums.ubi.com/showthread.php/883452-Story-Mission-Glitch-really-needs-fixing?s=8da01da3a337663d718914bd6821e4e2&p=10002550&viewfull=1#post10002550
grosso modo:
jouer la mission jusqu'au moment où ça bug, afficher l'interface PS pour quitter le jeu, redémarrer la console, relancer watchdogs, les ennemis devraient avoir réapparu, et voilà !