En -7000 a lieu le Second Grand Schisme durant lequel des Jedi Noirs découvrent la race des Sith et les asservissent en se servant des pouvoirs de la Force pour se faire passer pour des Dieux. Ils deviennent les "Seigneurs Noirs des Sith".
Se passent environ 2 millénaires au cours desquels ces Jedi Noirs finissent pas se métisser avec la population. Entre temps, ils perdent tout contact avec la République et oublient jusqu'à même son existence. Les Sith forment un petit empire à part composé de quelques planètes, notamment Korriban, qui devient leur "planète-tombeau" et Ziost, leur capitale. Plusieurs Seigneurs Sith possèdent certaines planètes mais doivent obéir au plus puissant d'entre-eux, le Seigneur Noir des Sith. En l'occurrence, il s'agit de Marka Ragnos en -5100.
Une guerre de succession éclate à de sa mort, opposant Ludo Kresh à Naga Sadow. Durant cette guerre, des explorateurs de la République, Gav et Jori Daragon, dont le métier est de découvrir des voies hyperspatiales, s'écrasent sur Korriban. Jori est capturée par Sadow qui la détient secrètement en prison tandis que son frère Gav devient son sujet sans savoir que le Sith retient sa soeur. Naga Sadow fait alors semblant de "libérer" la soeur de Gav, et elle s'enfuie vers la République. Entre temps, Sadow tue Ludo Kresh et devient le nouveau Seigneur Noir des Sith, et grâce à une balise de location placée sur le vaisseau de Jori, il parvient à connaître les coordonnées de la République. Il l'attaque, mais perd, et s'exile sur Yavin IV où il forme un nouveau groupe de Sith, les Massassi et se fait cryogéniser.
Quelque part vers -5000 est également créé l'Ordre Jedi (qui n'existait pas sous cette forme auparavant). En -4465, un Jedi dissident, Freedon Nadd, réveille Naga Sadpw de son sommeil cryogénique et devient son élève. Nadd conquiert la planète Ondéron en -4400, avant de mourir deux ans plus tard en -4398.
En -3998, deux Jedi en mission, Nomi Sunrider et Ulic Qel-Droma, affrontent l'esprit de Nadd. Ulic tue Nomi, et rencontre un Seigneur Sith, Exar Kun, un ancien apprenti du maître Jedi Vodo-Siossk Bass, qui a lui même suivit l''enseignement de Freedon Nadd en se rendant là où se dernier est enterré, sur Dxun, la lune d'Ondéron. Ensemble, Quel-droma et Kun attaquent la République. Ils échouent dans leur quête et Ulic trouve sa rédemption en -3986, en sauvant Vima Sunrider, la fille de Nomi qu'il avait tué des années auparavant.
Les guerres mandaloriennes, elles, ne commencent qu'en -3976, et KOTOR I en -3956
