Avec le jeu qui se passe 6 mois après le 1 et 6 mois avant le 2, la petite soeur de Makoto (protagoniste du 1) qui n'est sorti de son appart' pendant un an, et qui du coup n'était pas au courant des événements de Danganronpa 1, et quand elle sort elle se fait attaquée par des Monokuma zombies, pour finalement se faire sauver par Byakuya (3 eme survivant du school's killing trip) qui lui donne son arme 
Et au final elle rencontre une autre femme, et rencontrera les partisans de Junko (coucou Nagito
) au fil de son aventure.