Comme l'indique le titre du film, Manaphy est le prince des mers, il est énormément prisé par les pirates vu que si ils obtiennent sa bénédiction, ils peuvent devenir les rois des mers. Après un long film où Flora et Manaphy sont très attachés l'un à l'autre, Manaphy l'appelle même "Mama", Manaphy se fait kidnappé par des pirates, après un long combat de Sacha pour le récupérer, Manaphy lui accorde le titre de roi des mers et s'en suit une grosse bataille contre les pirates (moment super épique d'ailleurs, rien que d'y penser j'ai des frissons, avec Manaphy sur le dos d'un Kyogre pour défoncer les pirates, OMG QUOI
), une fois les pirates morts, Manaphy se doit de rester dans la mer, pour protéger les autres Pokémon... Il quitte Flora en pleurant tout en l'appelant Mama, et Flora aussi pleure comme pas deux en regardant son bébé s'en aller vers son destin