Et bien en sachant que prophet est mort physiquement (cadavre toussa), il en va de soi que c'est toujours le corps d'alcatraz à l'intérieur. Rappelle-toi des paroles de prophet dans le tout dernier flashback du 2 : Mais c'est très loin d'être terminé, pour nous 2 marines c'est trop tôt pour mourir, on doit y retourner.
Bref, alcatraz n'est qu'un intermédiaire entre la narration du jeu (PNJ) et nous-même qui sommes simple joueur
Donc le corps d'alcatraz est toujours à l'intérieur, mais c'est prophet qui a pris le dessus et qui peut parler. La seule explication que je vois c'est que la combinaison a opéré une sorte de cryogénisation de son premier porteur pour ainsi garder son esprit et qu'il puisse parler comme il le souhaite...
Quant à Psycho on ne sait pas ce qui lui est arrivé mais je compte sur les scénaristes pour nous le faire découvrir 