Bonjour, ne pas oulier d'indiquer une bannière spoil serait dans un premier temps utile. 
La fleur permettant de créer l'encre est morte, les ninja n'ont donc plus leur arme ultime. Le sensei le sait, et pour pallier à ceci, il décide de voler les armes des Hessoi, ce qui ne les a pas rendu très contents (cela explique l'attaque du début).
Le sensei ne nous le dis pas et invente une histoire pour que nous éliminions les Hessois et qu'il recupère ces armes.
La fille quand à elle n'est pas réelle. Quand on se réveille au début du jeu c'est la première illusion que nous inflige l'encre, la fille peut être vu comme notre conscience, en gros quand elle nous parle, on se parle seul, cela explique qu'à la fin si on la "tue" en réalité on se fait un sepuku et on meurt. Cela explique aussi sa première phrase "Règle numéro 1, ne me laisse pas mourir".
Enfin, il y a deux fins 
Soit on ne sombre pas dans la folie total en raison des illusions (la fille, les gardes Hessois qui deviennent des ninja une fois morts, etc..) et on décide de tuer l'illusion fille, cela revenant à accomplir le rituel en entier du porteur de la marque, à savoir se suicider.
Soit, on sombre dans la folie, on croit à un complot international d'illuminati dirigé par le Sensei et on le tue. Mais dans ce cas, on devient un fou furieux meurtrier.
Je dirais donc que la "bonne" fin est notre suicide, en théorie, puisque l'on respecte notre parole en se donnant la mort une fois la mission accomplis, malgré les petits mensonges du Sensei.
