Oulà alexkidi va falloir retravailler tout ça ! 
A moins que ça ne soit des missions de colonisation ?
Les moteurs atomiques n'ont pas du tout vocation à être utilisés sur des astres avec atmosphère. Sur Duna passe encore, sur Laythe c'est un peu plus compliqué, mais alors sur Eve leur poussée tombe carrément à 0 en-dessous de 5300 mètres !
Je pense que ton principal problème vient de ta surestimation de ces moteurs. Bien que leur ISP soit effectivement très grand (800), leur masse (3t) représente un désavantage considérable, sans compter leur thrust assez faible.
Ce qu'il faut comprendre c'est que la masse d'un moteur s'ajoute à celle de ta fusée, et que plus tu en met plus ta fusée est lourde et compliquée à mettre en orbite.
Je te propose de regarder ta fusée à l'aide de KER.
Ton design : 2026 m/s pour 95 tonnes

Amélioration 1 : montage en asperge / 2811 m/s pour 95 tonnes

Amélioration 2 : suppression de 3/4 des moteurs / 3296 m/s pour 71 tonnes

Dans la mesure où les moteurs atomiques sont censés être utilisés dans l'espace il n'y a normalement pas de contrainte de thrust. Dans l'idéal il faudrait mettre un seul et unique moteur atomique.
Pour te le prouver laisse-moi te proposer ceci.
Mon design : 3322 m/s pour 27 tonnes

Bon bien évidemment j'ai pas mis les parachutes ni rien. j'ai juste posé les pièces les unes sur les autres pour faire une simulation rapide.Mais ça te donne des ordres de grandeur. Si tu as un rapport charge utile / lanceur de 1/10, ta fusée nécessite un lanceur de 950 tonnes, là où la mienne en demande un de 270 tonnes. Tu dois voir la différence quand même non ?
A noter que si j'ai pu gagner autant de masse c'est aussi car je n'ai pas rajouté tes 12 RCS tanks. Ça n'a l'air de rien mais ces machins sont très lourds !