Je ne pense pas que les buff des ennemis soient prit en compte dans le calcul des probabilités.
Pour prendre un exemple tout bête, les sectoïdes normaux et alpha. A même distance et même couverture, ils ont typiquement le même pourcentage de chance d'être touchés, mais sur le terrain, les alpha esquives beaucoup, beaucoup plus souvent.
Je pense que les pourcentages affichés tiennent compte de la distance de tir, de la précision de l'arme, et de la couverture de l'ennemi. Par contre, les buff ne sont calculés que sur le résultat final qui est totalement opaque pour le joueur.
Ce n'est bien qu'une déduction empirique à partir de mon expérience de jeu, je suis peut-être complètement à côté.