Toutes mes excuses, Star_Warp. Tu as raison, fermer le processus explorer.exe résout le problème.
J'ai démarré le jeu avec le processus fermé et sans mode compatibilité et c'est nickel pour les couleurs.
Je me suis fais un petit fichier batch pour simplifier le truc, je trouve que c'est vraiment pratique alors je partage avec vous:
allez dans le répertoire qui contient l'exécutable qui lance le jeu (par défaut C:\Program Files\Microsoft Games\Age of Empires II)
Faites un clic droit dans le vide et choisissez "nouveau" puis "document texte". Donnez-lui le nom que vous voulez.
Ensuite, copiez ce qui suit dedans:
@echo off
taskkill /IM explorer.exe /F
cls
start empires2.exe
pause>0
start explorer
exit
Ensuite, cliquez sur "fichier" -> "enregistrer sous"
dans la fenêtre qui vient d'apparaître, choisissez "tous les fichiers (*.*)" dans "type" puis donnez le nom que vous voulez à votre fichier dans la case associée et rajoutez .bat à la fin du nom. Enregistrez maintenant.
Vous pouvez supprimer le document texte qui ne sert plus à rien maintenant.
Faites un clic droit sur le fichier batch (le .bat) puis cliquez sur "envoyer vers" et "bureau (créer un raccourcis)"
Ce nouveau raccourcis servira désormais à lancer le jeu à la place de l'ancien. Vous pouvez changez l'icône par celle de l'ancien raccourci, pour une question d'esthétique, car l'icône d'un fichier batch n'est pas vraiment jolie...
Lorsque vous lancez le jeu à partir de ce raccourci, une fenêtre noire s'ouvre et le bureau disparaît. Pas d'inquiétude, c'est normal. N'appuyez sur aucune touche lorsque vous voyez la fenêtre noire: cela la fermerait et ouvrirait à nouveau l'explorer.exe.
Le jeu va s'ouvrir normalement, et les couleurs seront comme il faut. Lorsque vous quitterez le jeu, la fenêtre sera encore là, il vous suffira d'appuyer sur une touche pour qu'elle se ferme et pour que le bureau réapparaisse.
L'inconvénient de cette méthode est que si vous avez déplacé les icônes de votre bureau et que vous n'avez pas redémarré, l'emplacement des icônes ne sera pas sauvegarder.
Pour finir, il serait bien que quelqu'un de plus doué que moi fasse la même chose mais en automatique: je sais qu'il est possible de faire en sorte que dès que le jeu s'arrête, explorer.exe redémarre tout seul, mais je ne sais pas faire...
Et ben ça en fait du texte! 
Bonne chance à vous 