Pour les jobs
techniquement aucun n'est missable mais à partir du chapitre 6 ça devient beaucoup plus dur de les avoir. La clé pour ne pas rater les jobs c'est de faire les quêtes annexes (points d'exclamation bleus sur la carte) avant les quêtes principales (point jaunes). Tu devrais pas avoir de problème ainsi (j'ai pas utilisé de soluce et j'ai raté aucun job).
Pour les équipements
C'est un peu plus délicat. Le bon, c'est que tous les donjons sont revisitables. Pour ne pas rater de coffres, utilise une compétence du Freelancer (qu'il apprend au lvl. 3 je crois) qui te permet de connaître le nombre de coffres dans un donjon. C'est pratique surtout à cause des passages secrets qui n’apparaissent pas sur la mini map (et qui sont parfois assez chiants à trouver). Il faut aussi savoir qu'il y'a des coffres bleus que tu ne peux ouvrir que plus tard dans le jeu. Ils ne sont pas missable.
Le moins bon, c'est que certains équipements ne sont trouvables qu'en les volant à certains boss. Ne te fais pas chier avec ça avant le chapitre 5 (tu voleras que des junk items genre un élixir), mais à partir du chapitre 6 faut faire gaffe.
Pour le bestiaire
Tous les donjons sont revisitables donc pas de problème ici. Le souci c'est qu'au chapitre 5 t'as certains mobs qui sont remplacés par d'autres, donc ceux-là sont missable. Pour connaître lesquels, t'as pas d'autre choix que de consulter une soice (gaffe au spoil !).
Pour la magie bleue (génome)
Comme le bestiaire, pas d'autre choix que de consulter une soluce. Un conseil : si dans le bestiaire tu vois des attaques entourés par des <>, genre <Boule de feu>, c'est une attaque que tu peux apprendre.
Je crois que c'est à peu près tout 
Au pire t'as le NG+ puisque tout est transféré.
Ah le cauchemar du completionnisme 