V'là les grandes lignes :
Chaque monstre a une répartition de dégâts bien précise découpées en zones (tête, ventre, queue, pattes, etc.) plus ou moins sensibles. De plus, taper plus souvent dans certaines zones va induire des réactions aux monstres (taper dans les pattes les font chuter pour plusieurs secondes, taper sur la tête avec une attaque assommante peut les étourdir, tu peux couper/casser certaines parties, etc.).
Sur chaque zone de son corps, un monstre prend des dégâts de deux manières : bruts et élémentaux. Les dégâts bruts sont ceux qui dépendent de la force "raw" de l'arme (la stat au-dessus de la barre de tranchant) et de son tranchant (plus il est élevé, mieux c'est), les élémentaux dépendent de l'élément associé à ton arme et de l'affinité élémentaire de cette zone du corps du monstre.
Exemple : la tête de la Rathian est la zone qui prend le plus de dégâts et elle est très sensible à l'élément dragon. Si tu vises la tête avec une arme dragon tu l'affaibliras beaucoup plus vite qu'en tapant sur les pattes et les ailes au hasard, par exemple.
Les dégâts bruts et élémentaux s'additionnent; donc si tu utilises une arme eau sur un monstre résistant à l'eau seuls les dégâts bruts vont compter (ou alors les dégâts élémentaux seront tellement dérisoires que leur effet sera nul).
L'affinité n'est rien d'autre qu'une probabilité d'infliger un coup critique à chaque coup. Autrement dit, une arme avec 30% en affinité va donner des coups 1,5 fois plus puissants (je crois) environ 3 fois sur 10 (c'est visible à l'écran par un gros trait lumineux, normalement). Par contre, si tu as une affinité négative, c'est l'inverse : avec une certaine probabilité, tu infliges des attaques moins puissantes (normalement c'est visible avec des traits pourpres).
Voilà. Tu peux approfondir tout ça en recherchant des tutoriels (souvent en Anglais) qui expliquent en détails tous les facteurs pris en compte dans le calcul des dégâts (par exemple le type d'attaque de ton arme compte aussi, une frappe circulaire à la GS est moins puissante qu'un coup dégainé, je crois), mais pour l'instant c'est déjà pas mal
Tu peux te renseigner sur les zones de dégâts avec des sites comme le Wiki US (assez complet) ou des logiciels comme celui-ci :
https://sites.google.com/site/pingsmh3gdex/
Qui donnent en plus une vue illustrée des zones de dégâts.
Voilà 