Dans les années 1560, il effectua plusieurs traversées de l'Atlantique, se livrant à la vente d'esclave et abordant en Floride où il rencontre les huguenots de Laudonnière1.
En 1567, il monta, en compagnie de son neveu Francis Drake, une troisième expédition vers l'Afrique pour y acheter des esclaves et les revendre dans les colonies du Nouveau Monde. Malgré l'importance de leur flotte, les deux compères furent encerclés par les Espagnols dans une rade du Mexique (bataille de San Juan de Ulúa). Drake et Hawkins s'échappèrent de justesse.
En 1595, John Hawkins accompagna Francis Drake dans une chasse au trésor dans les « Indes occidentales ». Durant le voyage, il tomba malade et mourut près de Porto Rico. Lui succédèrent son fils Richard Hawkins et son apprenti et protégé Francis Drake.
Hawkins et Drake vont vraiment percer dans le NM 