Salut Anthony-DiNozzo, pour ce qui est de l'encrage, j'utilise des crayons à repasser très simple, qui vont de la taille fine à moyennement grosse. Quant à colorier directement sous un logiciel sans passer par un crayonné sur papier, c'est également une solution rapide et efficace lorsqu'on arrive à la gérer.
Je ne sais pas si tu possèdes une talette graphique, mais personnellement, pour ce qui est des illustrations et dessins en tout cas (pour ce qui est des B.D je garde le support papier/crayons), je fais d'abord un "crayonné" directement avec le logiciel, ce qui donne ce genre de rendu que je trouve très proche du rendu que peut donner une mine de crayon classique HB sur du papier :
http://img504.imageshack.us/img504/3060/6caricature1.jpg
Ensuite, pour ce genre de dessin, j'applique "l'encrage" et la colo plus ou moins en même temps.
Je ne sais pas vraiment comment ça se passe pour le manga, mais l'essentiel étant que tu te sentes bien avec la technique que tu utilises.