Pour moi Itachi n´a pas tuer le clan Uchiwa c´est sûr ! , c´est plutôt Madara qu´il l´a fait et Itachi est resté en vie grace au Mangekou Sharingan récemment acquis (malgré un lourd sacrifice : la mort de son meilleur ami)
Il l´a fait pour :
- Protéger son frère lors de la destruction du clan (si clan détruit...car oui c´est peut-être pas totalement le cas grâce à son Jutsu)
- Protéger le clan ou sa famille (père/mère), en enfermant quelque uns du clan dans un univers parallèle (comme Sasuke l´a fait avec Orochimaru), pour d´une part les sauver et en second lieu : susciter une réaction chez Sasuke en pensant ses parents mort, pour une éventuelle future bataille : Itachi&Sasuke VS Tobi.
Pour moi Itachi va remettre sur le droit chemin Sasuke voir même se sacrifier pour le sauver contre Madara qui sait...tout dépend de la place de ce Madara à l´époque de la destruction du clan Uchiwa...
Au final, ils retournent dans la cachète secrète pas pour réunir Naruto et Sasuke loin de là mais seulement pour que Itachi montre à Sasuke comment obtenir le Mangekou Sharingan si ce n´est pas déjà fait...
Pour cela il peut soit en le tuant l´acquerir et Itachi le sait(lien important avec son frère qui lui porterait plus d´espoir dans la réussite de Sasuke pour vanger le clan décimé par Madara).
Voilà ma théorie comme une autre @+ les foromeurs !