"Comment Madara a donné le Rinnegan à Nagato ?"
Par la magie des retournement bidesques et incohérents que Kishimoto nous offre avec grande générosité depuis presque deux ans... 
C'est triste à dire mais c'est ça...
"Si Naruto et Hinata auront des enfants, ils auront le Byakugan ?"
"ont des enfants" 
Et sinon, c'est aléatoire. Ils peuvent en avoir comme ne rien avoir du tout. L'un des deux peut en avoir et pas l'autre, etc.
Pour ce qui est des morts faits par Nagato à Konoha, c'est bien plus de la moitié du village qui y est passée. Les seuls à avoir survécus sont ceux qui avaient une limace pour les protéger et quelques shinobi robustes ou chanceux. Soit bien moins de la moitié du village. 
D'ailleur y'aurait largement plus de monde dans les décombres si la moitié des habitants étaient vivants. 