Le Japon commence peu à peu à rentrer dans l´ère Meiji, ère où les samourais n´ont plus aucune utilités: pas le droit de porter de sabre, l´industrialisation qui débarque, c´est un "race en voix de disparition". Kenshin Himura est un des ces fameux samourais mais pas n´importe lequel, il fut connu autrefois sous le nom de "battosai", un des plus grands assassin que le Japon ait vu naître. Aujourd´hui devenu vagabond, il traîne ici et là sans but précis jusqu´au jour où il fera la rencontre de Kaoru Kamiya....