En fait, si j´ai bien compris, la série et le film sont en fait 2 scénarios distinct qui n´ont rien à voir.
La série est plus à rapprocher du premier tome de la BD, qui raconte la vie ´au quotidien´ de la section 9 et les différentes missions qu´ils exécutent.
En effet, dans la série, c´est avec l´entité "le rieur" que Motoko fusionne (à la fin de la première saison). Alors que dans la BD (2 premiers tomes) comme dans le film, c´est avec le ´puppet master´.
Par contre les récits des 2 films se succèdent effectivement.
Et les 2 BD sortie dans la série ´man machine interface´ offre encore une autre évolution du scénario, où Motoko devient la ´patronne´ d´une espèce d´agence de détective.
Mais bon, c´est parfois tellement loin barré qu´on peut trouver encore d´autres interprétations ^^