Layer:01 WEIRD :
Au lycée de Lain, jeune fille introvertie et sans beaucoup d´amies, plusieurs écolières ont reçu un e-mail de Chisa, une étudiante qui s´est suicidée la semaine précédente. En revenant chez elle, Lain découvre que Chisa lui a écrit aussi. Elle explique que seul son corps est mort et qu´elle est maintenant quelque part avec Dieu...
Layer:02 GIRLS :
Une nouvelle drogue basée sur la nano-technologie, l´accela, fait son apparition. Elle altère la perception du temps et augmente les capacités de fonctionnement du cerveau. Lain, de son côté, est invitée au Cyberia par Alice, mais la soirée va prendre un tour inattendu...
Layer:03 PSYCHE :
Lain est perturbée par les événements de la veille. De plus, elle a l´impression d´être constamment surveillée, et pour couronner le tout, elle commence à entendre des voix qui appellent son nom et posent une question étrange: " Qui est Lain?"...
Layer:04 RELIGION :
Lain est en train de changer. Elle passe de plus en plus de temps sur son ordinateur, et Alice commence à s´inquiéter. A l´école, on fait état du suicide plusieurs étudiants. Apparemment, tous les défunts étaient accros à un jeu en réseau, Phantoma...