1.) Les différences entre les deux versions de l'anime tient surtout au rythme. Si je me souviens bien, le premier anime est plus lent car il y avait moins de tomes sortis à l'époque. Le rythme de la version 2011 est un peu plus soutenu je pense (à part 3 épisodes récapitulatifs inutiles car placés au début de l'anime).
Pour ce qui est des différences c'est très variable suivant les gens. Certains trouvent que la bande-son du premier anime surpasse le second, d'autres l'inverse.
Je trouve le second bien plus esthétique et les combat mieux animés et d'autres préfèrent le premier car les personnages sont à leur sens plus proches de ceux du manga d'un point de vue graphique. Bref chacun a un peu son avis là-dessus.
2.) Le second anime est déjà actuellement plus loin que la première version, on en est à l'arc nommé Kimera Ant. Par rapport au manga c'est en général assez proche, malgré quelques points de détail. A partir de là, il y a deux options : l'anime finit lors de cet arc ou s'arrête un peu plus loin à l'arc qui dans le manga est après celui des Kimera Ant et qui est plutôt court.
3.) Le manga reprendra quand son auteur se décidera à le reprendre. On espérait voir poindre un chapitre vers mai car des rumeurs prétendaient que sa pause actuelle serait moins longue que la précédente mais ce n'est pas le cas. Par conséquent, on ne sait pas quand le manga reprendra, par contre je me pose une question personnelle : le manga reprendra sûrement mais est-ce que l'auteur l'achèvera avant sa mort ? Ça c'est déjà plus difficile à savoir. 