Après, ils faut voir les films qui "complètent" ces épisodes.
Selon beaucoup, les épisodes 25 et 26 TV constitueraient un passage des films, et les films montreraient tout ce qui se passe pendant ce temps dans le monde réel, et reprenant dans une scène condensée le contenu des 25v et 26 TV.
Enfin, c´est dur à expliquer si t´as pas vu les films, pour pas te spoiler...
Sinon le pourquoi du comment de la fin...Y en a pas vraiment.
Le script de l´épisode 25 TV était prêt, mais pour cause de budget trop réduit et de censure, ce script à été abandonné et il a fallu bricoler quelque chose dans l´urgence.
Hideaki Anno a justement joué avec les restricion budgétaires et a beaucoup apprécié de réduire l´animation au maximum, en utilisant quasiment que des cellulos. Il a saisi l´occasion pour faire passer un message de ce qu´il pensait sur l´industrie de l´animation japonaise, ainsi qu´une virulente critique envers les Otaku. En gros, quand il montre Shinji qui se "libère" comme tu dis, il dit aux otaku d´arrêter de regarder des anime et de sortir de leur piaule...
Donc oui, pas trop de rapport avec les autres épisodes. pas de conclusion réelle, d´ailleur Anno ne devait pas en avoir une...
Pour ceux qui voulaient un semblant de "vraie" conclusion, y a les films. Au passage, le premier film réutilise le script original de l´épisode 25 qui a été abandonné pour la TV.