Épisode 3 : Le téléphone ne sonne pas.
Shinji commence à fréquenter l´école de la ville, il est dans la même classe que Rei, l´autre pilote d´EVA. Toutefois, comme elle, il ne semble avoir aucun ami, car personne ne l´appelle sur le portable que lui a offert Misato. Ritsuko explique que Shinji est victime du " dilemme du hérisson" , même s´il souhaite partager un peu de chaleur avec les autres, il est effrayé à l´idée de les blesser, et surtout d´être blessé en retour.
Alors qu´il est en classe, Shinji admet qu´il est pilote d´EVA, et toute sa classe le submergent alors de questions! Toutefois, un élève, Toji Suzuhara, dont la petite soeur a été blessée pendant le combat de l´ange ( un mur s´est écroulé...), passe sa colère sur Shinji.
C´est alors qu´arrive le quatrième ange, Shamshel. Shinji est envoyé dans la bataille, mais les tentacules lumineuses de l´ange l´empêchent de l´attaquer et l´EVA se retrouve en mauvaise posture, avec son câble d´alimentation coupé...
Alors que Shinji est projeté sur une colline, il aperçoit ses deux camarades, Toji et Kensuke Aida, venus assister au combat au mépris du danger... Misato dit à Shinji de les récupérer et de filer. Shinji récupère en effet les deux garçons, mais décide d´attaquer l´ange malgré la faible autonomie qu´il lui reste... Malgré les contres-ordres de Misato, Shinji se rue sur l´ange, répétant " je ne dois pas fuir!" et le transperce avec son couteau, à la dernière seconde...