L'histoire se déroule dans les années 1990, ce qui était alors un futur relativement proche, sur une terre ravagée par une guerre nucléaire, ce qui a eu pour conséquence l'évaporation de la plupart des mers et océans, tout comme la destruction d’une grande partie de la végétation. Dans cet univers post-apocalyptique, les survivants sont soit d'humbles villageois essayant de survivre, soit des bandits vicieux regroupés en gangs qui s'adonnent aux pillages et à la persécution de ces villageois. Cependant, un artiste martial nommé Kenshiro (Ken), un homme reconnaissable aux sept cicatrices qu'il porte sur le torse, a été choisi pour devenir le successeur d'une légendaire école d'art martial assassin, le Hokuto Shinken (l’art divin de l'Étoile du Nord).
Au début de l'aventure, Kenshiro ne cherche pas réellement à aider les villageois, mais au fur et à mesure que son étoile le guide, il se révèle comme étant le sauveur tant attendu par une population au bord du désespoir. Accompagné dans son périple par deux jeunes enfants nommés Bart et Lynn, Ken sera confronté à un grand nombre de gangs, allant même jusqu'à affronter ses frères adoptifs, eux aussi disciples de l'art du Hokuto Shinken. Ken se mesurera aussi à certains des six maîtres de l'école Nanto Seiken (le poing sacré de l'Étoile du Sud).
Avant de rencontrer son ultime adversaire, qui n’est autre que son frère ainé Raoh (Raoul en version française), un aspirant conquérant qui a enfreint les lois de Hokuto Shinken en refusant d'abandonner son art, le parcours de Kenshiro l'amène à faire face à une série de tragédies qui l'affectent profondément (disparition de sa fiancée, mort de ses frères d'armes, confrontation avec son propre frère, etc...).
Plusieurs années après la mort de Raoh et de Yuria (Julia en version française), Ken effectue une seconde venue pour prêter main-forte à Bart et Lynn, maintenant adultes et leaders de l'armée du Hokuto, milice rebelle contre la tyrannie des troupes de l'Empereur céleste, commandées par un régent nommé le Gouverneur Jakoh. Ken se mesure alors aux maîtres de l'école Gento Kokken. Après la défaite finale de Jakoh, Lynn est enlevée et Ken doit traverser le seul océan restant pour se rendre sur les terres de Shura (Shura no Kuni), aussi connu comme le Pays des Démons. Les terres de Shura sont d'ailleurs les terres natales de Raoh et son frère de sang, Toki. Ce pays est gouverné par Kaioh, le frère biologique de Raoh, qui est aussi dépositaire du Hokuto Ryūken (Le poing du dragon de l'étoile du nord), une branche maléfique du Hokuto Shinken.
Après avoir retrouvé le secret du Hokuto originel (Hokuto Sōke), Ken se défait de Kaioh, sauve Lynn et libère le pays des démons. Enfin, Kenshiro retrouvera Ryu, le fils de Raoh, et le prend comme disciple pour faire de lui son successeur.
Fin?