La fin est effectivement très etrange,il s´agit en fait du plan de complémentarité de l´homme sur lequel Gendo travaille.
J´ai pas compris grand chose ,je crois qu´il y a une histoire de réalité alternative(quand les persos sont montrés différemment ex : Rei qui montre ses émotions) mais à part ça rien d´autre.