Personnellement j'aime bien avoir la boite, rien que pour, en cas de désinstallation de pouvoir au moins réinstaller la base du jeu sans tout retélécharger (et puis j'aime bien avoir la boite, mais ça c'est pas un bon argument ^^).
Pour le reste, je pense qu'il y a aucune différence, l'installation se passe pareil, le download de base en moins (mais les maj oui). L'achat sur le site officiel ne devrait pas poser de problème. Sur des sites tiers, tout peut bien se passer comme le contraire.