ta progression au début de chaque mission est sauvegardée, donc si tu reprends la mission 1, tu reprendras avec les pouvoirs que tu avais au début de la mission 1, mais si tu trouves des runes/charmes que tu avais pas trouvé lors de ta première partie, OUI c'est sauvegardé dans les stats, tout comme si tu la refais en ne tuant personne, ou bien sans te faire repérer par exemple.
après si ta question c'était est ce qu'on peut recommencer la première mission par exemple avec tous les pouvoirs que tu avais debloqués à la fin du jeu (new game +) la réponse est non.