Hm, eh bien dans ce cas le problème reste entier.
Sachant que tu n'es pas le seul dans cette situation, tu n'as pas à t'en faire. Ce n'est pas ta console ou ton logiciel qui ont un problème, mais c'est bel et bien au niveau de la programmation que ça coince.
Peut-être que ça a été fait consciemment, afin d'inciter les joueurs à favoriser les rencontres et les échanges...
Je ne peux malheureusement pas t'aider plus, si ce n'est que tu puisses espérer trouver quelqu'un qui possède une console Nintendo 3DS et tes Pokémons manquants... 
Ou espérer qu'ils y remédieront avec une mise à jour prochaine... 