Justement, le problème peut venir de Steam cloud! Ce truc c'est la pire merde qui puisse exister pour ce qui est des sauvegardes! Désactive-le. Rien n'est plus sûr que la bonne vieille sauvegarde faite sur ton HDD physique de ton PC!
Moi le Steam Cloud m'as déjà fais perdres plusieurs heures sur d'autres jeux. En effet, il est arrivé que le cloud soit mis temporairement HS sans que je le sache, j'ai continué à jouer pendant des heures, puis rendu presqu'à la fin de mon jeu, hop le cloud se réactive subitement et détecte une désynchronisation entre sa vieille sauvegarde (celle à l'époque avant qu'il soit mis HS) et la nouvelle sauvegarde réçente sur mon PC. Alors ce qu'il fait? Bah c'est simple il se synchronise en remplaçant la nouvelle sauvegarde par l'ancienne qu'il avait conservé avant d'être HS et voilà, des heures de jeux perdus pour rien!
Désactive cloud! Même si ça règle pas ton problème, désactive le quand même!