J'ai à peu près le même soucis que toi. En siège, j'ai de très violentes saccades, à chaque fois liées à mon attaque des remparts. Et ça peut me le faire même sur de petites batailles de capitales, alors que je joue sans saccades avec du 40 VS 40 en "plaine".
Alors c'est tout sauf sûr, mais je comprends ça comme étant une sorte de problème de pathfinding. L'IA galère a faire bouger ses troupes avec les spécificités du terrain et les "calculs d'itinéraires" deviennent très gourmands et font donc saccader le jeu. (Quand je dis saccader, c'est bien saccader avec des micro freezes, pas une "simple" baisse de fps).
Cela cesse dès lors que je me suis débarrassé de la majorité des troupes sur les murailles. Mais ça reste très pénible car le jeu est peu jouable. Pour donner des ordres, je dois mettre en pause (où le jeu redevient parfaitement fluide) puis être près à attendre 10 fois plus longtemps pour chaque action.