Oui, tout les jeux X ont une trame scénaristique. Pour X3 TC et AP, l'histoire se basée sur le conflit entre terrien et Argon.
Pour te donner une idée du scénario, voici un lien qui résume parfaitement l'histoire de X3: TC
https://www.jeuxvideo.com/forums/1-14911-864-1-0-1-0-histoire-de-l-univers-x3-terran-conflict.htm
Pour en revenir à X-Rebirth, l'histoire se passe plusieurs siècle après les anciens X, et oui, le jeux propose également un scénario, qui d'ailleurs, semble un poil supérieur au ancien et mieux gérer. D'ailleurs ce scénario sera une sorte de "tutorial" pour apprendre les bases du jeu pour ensuite, nous lancé dans la totalité du monde de X-Rebirth =)