Bon alors nous sommes en février 2005, 6 ans après que Solid Snake ait tué son père "Big Boss" à Zanzibar.
Big boss était considéré comme le plus grand soldat du XXèeme siècle, comme un vrai héros de l'amérique. En 1995 , Big Boss, alors chef de l'unité d'élite Fox Hound, après etre revenu de 20 ans de combat dans différent poles africain où il a défendu les faction luttant pour leur indépendance. Le gouvernement lui demande de s'occuper de la crise de Outer Heaven. C'est une base fortifié en afrique , menée par un groupe de mercenaire qui se serait emparé d'un nouveau type d'arme nucléaire : Le metal Gear.
Big Boss envoit alors une jeune recrue résoudre le conflit et sauver l'agent qu'ils ont perdu la bas ( Grey Fox), il s'agit de Solid Snake. A la fin de l'aventure , Solid Snake découvre que le leader de la base n'est autre que Big Boss, qui projetait de se retourner ccontre les USA. Il s'ensuivra un combat à mort entre les deux, et Snake triomphera. Bien que décu, il prendra le bandana de Big Boss et le portera pour honorer son mentor déchue. Outer Heaven explose et Big Boss est porté disparu
En 1999, un ancien commandant de Solid Snake, Roy Campbell le rappelle pour une nouvelle opération en Asie centrale, à Zanzibar Land. La mission de Snake est d'assassiner le dictateur du pays de Zanzibar qui s'avère être Big Boss en personne. Celui-ci, ayant passé commande pour un nouveau Metal Gear, est devenu une menace sérieuse pour l'Occident. Gray Fox, l'ancien agent de Fox Hound, a rejoint Big Boss et s'est joint à ses côtés car ce dernier lui a sauvé la vie alors qu'il était un enfant soldat dans les années 70
Snake détruit le Metal Gear et affronte Gray Fox dans un violent combat à mains nues en plein milieu d'un champ de mines.Son ami gray fox perd le combat en marchant sur une mine. Après sa victoire, et toujours désarmé, Snake retrouve Big Boss qui l'attend près de la sortie du camp de détention. Snake réussit de nouveau à vaincre celui-ci avec un lance-flammes artisanal. Juste avant de mourir, Big Boss lui apprend qu'il était en réalité son père. Snake refuse d'abord de l'achever, mais se résout finalement à le faire après que Big Boss le lui ordonne lui annoncant que le gagnant délivrera le perdant du chaos de la guerre, alors que le vainqueur continuera à érrer sur le champ de battaile. Après ces événements, Snake se retire pendant des années près des Twin Lakes en Alaska pour essayer d'oublier son passé déchiré par la guerre et les conflits. Il décide d'élever 50 chiens et participe même à la course de traîneaux Iditarod.
En février 2005, pendant un exercice sur l'île de Shadow Moses près des côtes de l'Alaska, un groupe de soldats génétiquement modifiés, les « soldats génomes », sous le commandement de l'unité Fox Hound se rebellent et prennent le contrôle des installations nucléaires. Le leader de la rébellion, Liquid Snake menace la Maison Blanche d'un tir nucléaire si les restes de Big Boss, le plus grand soldat du XXe siècle, et un milliard de dollars ne leur sont pas remis.
À la demande du secrétaire à la défense, Roy Campbell, un ancien commandant de l'unité Fox Hound revient de sa retraite et demande l'aide de Solid Snake, un soldat d'élite, spécialiste de l'infiltration et ancien membre de Fox Hound, pour sauver les otages et éliminer la menace nucléaire. Solid Snake doit infiltrer le complexe aidé à distance par une équipe de spécialistes composé de Roy Campbell, Mei Ling, Naomi Hunter, Nastasha Romanenko et Master Miller.
J'ai fait très court là, et c'est vraiment à partir de MGS1 et MGS2 que le scénario ouvre les portes au complot politique mondial.