Pour le mode QWERTY, c'est l'utilisation des touches ALT+SHIFT qui modifie ton clavier, cela arrive lorsque tu es en train de skier (SHIFT) et que tu souhaites avertir ton équipe de la position d'un ennemi (ALT). Du coup soit tu t'arrêtes, soit tu sautes et tu relaches SHIFT, ou alors tu changes la touche...
Par contre pour ton problème, cela reste étonnant, en principe si tu quittes le jeu correctement (Quit Tribes Ascend), il doit garder tes réglages... si par contre tu fais à la barbare avec ALT+F4 ou avec le gestionnaire des tâches là ce serait normal.