L´explication est dans le bouquin
En fait, Bowman est happé à son approche de Saturne par un troisième monolythe, en vérité un portail vers les étoiles extraterrestre et vivant. Il s´agit en fait de l´âme d´un de ses extraterrestres, civilisation surdéveloppée qui a réussi à se libérer de la matière organique et qui ne vit désormais que sous un état entièrement spirituel. Ils ont conquis la Galaxie et ont semé leur intelligence dans tous les systèmes solaires (c´est le rôle du premier monolythe dans le film).
Il faut comprendre que le deuxième monolythe découvert sur la Lune était en fait un signal d´alarme, qui émettait des ondes radio vers Saturne (là où se trouve le troisième monolythe) pour prévenir les extraterrestres de l´arrivée imminente des hommes, et pour indiquer la voie à ces derniers.
Bowman, au terme de ce périple, est donc happé par le troisième et dernier monolythe (qu´on ne voit pas dans le film, il me semble). Il arrive alors dans la gare centrale de la Galaxie, carrefour de tous les univers, pour finalement arriver dans celui des extraterrestres, un système bisolaire. Dans le film, ce passage est symbolisé par le trip métaphysique et multicolore. Les extraterrestres guident alors la capsule de Bowman vers leurs soleils, et, après s´être rapproché inexorablement, le cosmonaute arrive dans une pièce on ne peut plus terrestre.
Il s´agit en fait d´une reproduction d´un appartement que les extraterrestres ont pris dans un film, lorsque le deuxième monolythe fut découvert. Ce décor est là pour rassurer Bowman, pour qu´il prenne ses aises (même s´il est factice à de nombreux endroits). Dans cette pièce, la mémoire de Bowman est sondée, et il passe par tous les âges, avant de redevenir un foetus, de repartir de zéro et de n´exister sous forme spritiuelle, adoptant l´intelligence suprême.
A la fin, la nouvelle entité Bowman est désormais devenu comme les extraterrestres et retourne près de la Terre, s´apercevant qu´il a tous les pouvoirs sur elle du fait de son intelligence surdéveloppée et de son immortalité. Il est en fait devenu Dieu !
Voilà 